Az adóhatóság a hatáskörébe tartozó adók, támogatások esetében rendszeresen ellenőrzi az adózókat és az adózásban résztvevő más személyeket. Az ellenőrzés célja az adótörvényekben és más jogszabályokban foglalt kötelezettségek teljesítésének, vagy megsértésének megállapítása. Utóbbi esetben az ellenőrzés feladata a tények, körülmények feltárása és bizonyítása, adóigazgatási eljárás megindítása. Az ellenőrzöttség tudata révén az adózókat az önkéntes jogkövetésre kell ösztönözni.

Az ellenőrzések fajtái:

1. bevallás utólagos vizsgálata. Az utólagos vizsgálatok a bevallás beadását követően egy vagy több adónemre és időszakra terjedhetnek. Ide sorolhatók a kiutalás előtti vizsgálatok és az egyszerűsített ellenőrzés is. Egyszerűsített vizsgálat tipikusan a nem vállalkozó magánszemélyeknél történik, a rendelkezésre álló adatok (bevallás és az adatszolgáltatók kontroll adatai) alapján vizsgálva a bevallási kötelezettség teljesítését. Nemleges vizsgálatról is határozat kerül kiküldésre. Valamennyi utólagos vizsgálat ellenőrzés lezárt időszakot teremt.
2. állami garancia beváltásához kapcsolódó ellenőrzés. A hitelintézetnél, vagy az eredeti jogosultnál vizsgálja a garancia beváltás jogszabályi feltételeinek érvényesülését,
3. egyes adókötelezettségek teljesítésének ellenőrzése. Az adókötelezettség egyes elemeinek teljesítését vizsgálja (pl. bejelentés, nyilvántartások vezetése, adatszolgáltatások teljesítése, bizonylatmegőrzés, stb. ellenőrzése). Nem teremt ellenőrzéssel lezárt időszakot, de mulasztási bírsággal járhat és szerepe lehet a vizsgálati kijelölésben.
4. adatgyűjtésre irányuló ellenőrzés. A bevallási időszak lezárása előtti célvizsgálatokat jelenti, pl. nyugtaellenőrzés, leltárfelvétel, foglalkoztatottak ellenőrzése.
5. illetékkötelezettségek teljesítésének ellenőrzése. Ezt részben a bíróság és a hatóságok látják el, a hozzá benyújtott iratok illetékkötelezettsége lerovásának vizsgálatával, részben az illetékhivatal ellenőrzései révén.
6. ismételt ellenőrzés. Lehet korábbi ellenőrzés megállapításainak végrehajtását vizsgáló (utóellenőrzés). Kérheti az adózó is az ellenőrzéssel már lezárt időszak újra vizsgálatát, ha a javára szolgáló tényt, körülményt önellenőrzéssel már korrigálni nem tudja. Történhet Tb szerv, illetve magán-nyugdíjpénztár megkeresésére induló vizsgálat keretében, ha az ismételt ellenőrzés ellátási jogosultságot teremt. És sor kerülhet felülellenőrzés keretében, melyet a pénzügyminiszter, az ÁSZ elnöke, helyi adónál a képviselő testület határozata, illetve az APEH elnöke, vagy a VPOP parancsnoka rendelhet el. Másodfokú szerv dolgozója végezheti a felülellenőrzést. Megállapításairól akkor adható ki határozat, ha az eredeti ellenőrzési megállapítást bíróság nem vizsgálta felül.

Az adóhatóság ellenőrzéseit a hatáskörébe tartozó adókra illetékességi területén folytatja le. Ha az illetékességváltozásra az ellenőrzés megkezdését követően kerül sor, vagy arról az adóhatóság az ellenőrzés megkezdését követően szerez tudomást, a megkezdett ellenőrzés befejezésére és realizálására az ellenőrzést megkezdő adóhatóság illetékes.

Az APEH területi szervei és a jövedéki ügyben eljáró vámhatóságok az APEH elnökének, ill. a VPOP országos parancsnokának engedélyével illetékességi területen kívül is ellenőrizhetnek.

Ellenőrzésre kiválasztás:

1. Kötelező az ellenőrzést lefolytatni felszámolás, végelszámolás elrendelése esetén, ÁSZ elnökének felhívására, pénzügyminiszter utasítására, helyi adó esetében az önkormányzati képviselő testület határozata esetén.

2. A legnagyobb adóteljesítménnyel rendelkező 3000 adózót az APEH kétévente valamennyi adó- és támogatásnemben köteles leellenőrizni.

3. Véletlenszerűen kell kiválasztani a vizsgálatok legalább 5%-át a bevallás utólagos vizsgálatánál (kivéve az egyszerűsített ellenőrzést), kezdő vállalkozások preventív vizsgálatánál és a próbavásárlással történő számla- és nyugtaellenőrzésnél.

4. Az ezen túlmenő APEH ellenőrzéseket a hivatal elnöke által február 20-ig közzétett ellenőrzési irányelv alapján kell végezni.

5. A kötelezően, illetve véletlenszerűen lefolytatandó vizsgálaton túl valamennyi vizsgálatot célzott kiválasztással kell kijelölni a bevallások, adatszolgáltatások, pénzforgalmi adatok, korábbi ellenőrzések tapasztalatai, és minden egyéb rendelkezésre álló adat alapján.

Az állami adóhatóság az ellenőrzések elrendelésének közvetlen okáról nyilvántartást köteles vezetni.

2002. november 15-étől megszűnt a szakmánkénti jövedelemminimumok meghatározása, de ezzel a bevallás-kiegészítő nyilatkozat jogintézménye nem szűnt meg. A 2002-es adóévről - és a későbbi évekről - benyújtandó bevallások alapján az önálló tevékenységet végzők akkor kerülhetnek az adóhatóság által felszólításra kiegészítő nyilatkozat tételre, ha a megelőző két évben a minimálbér alatti jövedelmet vallottak

Az adóhatóságnak az ellenőrzés vizsgálati programját úgy kell meghatároznia, hogy biztosítani tudja a következő vizsgálati határidők tartását:

1. kiemelt adózók utólagos vizsgálatánál, felülellenőrzésénél 120 nap,
2. többi adózó utólagos vizsgálatánál, felülellenőrzésénél 90 nap,
3. ÁFA kiutalás előtti ellenőrzésénél, ha a visszaigényelt összeg meghaladja az 500 ezer forintot, 45 nap,
4. az összes többi ellenőrzésnél 30 nap.

A határidő kezdő időpontja a megbízólevél átadásának napja, kiutalás előtti ellenőrzésnél a bevallás beérkezésének napja, de legkorábban az esedékesség ideje. Az ellenőrzés a jegyzőkönyv átadásával fejeződik be. Felszámolás esetében a tevékenység záró adóbevallás ellenőrzését annak kézhezvételétől számított 1 éven belül, felszámoló záró bevallást a kézhezvételtől számított 60 napon belül kell befejezni. Végelszámolás esetén a tevékenység záró adóbevallás és végelszámoló záró adóbevallásának ellenőrzését utóbbi kézhezvételétől számított 60 napon belül kell befejezni.

Az ellenőrzési határidő más adózónál elrendelt kapcsolódó vizsgálat esetén automatikusan 90 nappal meghosszabbodik. A felettes szerv a határidőt indokolt esetben 30-90 nappal meghosszabbíthatja. A határidőbe nem számít be az ellenőrzés felfüggesztésének időtartama (hiánypótlás miatt, vagy az adózó kérelmére).

Az ellenőrzés kezdete az erről szóló értesítés kézhezvételének időpontja, ha az előzetes értesítést mellőzik, akkor a megbízólevél bemutatása. Az ellenőrzés kezdetétől utólagos vizsgálatok esetén önellenőrzés nem végezhető.

Az ellenőrzés kezdetén be kell mutatni a szolgálati igazolványt és megbízólevelet. Hivatali helyiségben végzett ellenőrzésnél a szolgálati igazolvány bemutatása nem kötelező. Próbavásárlás esetén a vásárlás befejezésekor kell a jogosultságot igazolni.

Az ellenőrzés lefolytatása az adómegállapításhoz való jog elévülési idején belül a helyszínen, vagy az adóhatóság hivatali helyiségében történhet.

A helyszíni ellenőrzés önálló tevékenységet folytatónál a tevékenység folytatásának idejében (éjszaka nyitva tartónál éjszaka), más személynél napközben 8-20 óra között történhet. A helyszíni ellenőrzés része a székhelyen, telephelyen kívül tárolt eszközök, iratok vizsgálata is.

A hatóság hivatali helyiségében az ellenőrzést hivatali időben kell megtartani, lehetőséget adva adózónak a munkaidején kívüli meghallgatására is.

Az ellenőrzés az adó megállapításához szükséges iratok, bizonylatok, könyvek, nyilvántartások - ideértve az elektronikus úton tárolt adatokat is -, számítások, egyéb tények, körülmények vizsgálata útján történik. Ezek megismerését az adózó köteles biztosítani, az iratokat, adatokat rendelkezésre bocsátani, a szükséges felvilágosítást megadni. Nem kötelezhető olyan nyilvántartás, összesítés elkészítésére, melyet jogszabály nem ír elő. Ha adózó iratai hiányosak, rendezetlenek, nyilvántartásai pontatlanok, vagy hiányosak és így alkalmatlanok az adó összegszerű megállapítására, az adóhatóság határidő kitűzésével hiánypótlást rendelhet el. Az ellenőrzéshez szakértő is igénybe vehető.

Az adóellenőr kötelessége az ellenőrzés során:

1. magát, vizsgálati jogosultságát igazolni, az ellenőrzés típusáról, tárgyáról, időtartamáról tájékoztatást adni,
2. jogait úgy gyakorolni, hogy az adózót tevékenységében csak a lehető legkisebb mértékben korlátozza,
3. tényállást tisztázni és bizonyítani (ha törvény ezt nem teszi az adózó kötelezettségévé). A feltárt tényeket, körülményeket, adatokat értékelni. A tényállás tisztázása során az adózó javára szolgáló tényeket, körülményeket is fel kell tárni.

Az adóellenőr jogosult:

1. a tevékenység, a jövedelem ellenőrzéséhez szükséges helyiségbe belépni, helyszint, járműrakományt átvizsgálni,
2. iratokat, tárgyakat, munkafolyamatot megvizsgálni, felvilágosítást, nyilatkozatot kérni,
3. a tevékenységben résztvevők személyazonosságát, részvételük jogcímét igazoltatni,
4. próbavásárlást, leltárfelvételt végezhet, próbagyártást rendelhet el,
5. adózó szerződéses partnerénél kapcsolódó vizsgálatot végezhet,
6. lakásban is ellenőrizhet, ha ott folyik a vállalkozási tevékenység, ott vélhetően be nem jelentett adóköteles tevékenységet végeznek, vagy a jövedelem a lakással kapcsolatos.

Adózó köteles:

1. az ellenőrzés során együttműködni, helyszíni ellenőrzés esetén annak feltételeit biztosítani,
2. adómentesség, adókedvezmény igénybevétele esetén annak jogosultságát megfelelően bizonyítani.

Adózó az ellenőrzés során jogosult:

1. meggyőződni az ellenőrzést végző személyazonosságáról és megbízásáról,
2. az ellenőrzési cselekményeknél jelen lenni,
3. megfelelő képviseletről gondoskodni,
4. ha jogainak gyakorlásában akadályozott, kérheti - az egyszerűsített ellenőrzés, egyes adókötelezettségek teljesítésének ellenőrzése és az adatgyűjtés kivételével - az ellenőrzés legfeljebb 60 napra történő felfüggesztését,
5. joga van az ellenőrzés során keletkezett iratokba betekinteni, megállapításokkal kapcsolatban felvilágosítást kérni, azokra észrevételt tenni, bizonyítási indítvány előterjeszteni, jegyzőkönyvet megismerni, azt észrevételezni (8 napon belül),
6. más adózó kapcsolódó vizsgálata során a rá vonatkozó megállapításokat megismerni,
7. ellenőrzési határidő túllépés esetén a felettes szervhez fordulhat.

Az adóellenőr az ellenőrzés során a magánszemélyt személyazonosságának igazolására hívhatja fel, aki azt teljesíteni köteles. Ennek megtagadása esetén rendőrt hív.

Ha az adózó, képviselője, alkalmazottja megjelenési kötelezettségének szabályszerű idézés ellenére nem tesz eleget, és távolmaradását megfelelően nem igazolja, az illetékes állami adóhatóság vezetője (az APEH megyei, fővárosi igazgatója) határozatban elrendelheti rendőrségi elővezetését. Az elővezetés foganatosításához ügyészi jóváhagyás szükséges.

Ha alaposan valószínűsíthető, hogy adózó az adókötelezettsége szempontjából jelentős tárgyi bizonyítási eszközt elrejt, vagy vállalkozása körülményeit leplezi, az adóellenőr átvizsgálhatja a tevékenységgel összefüggő összes helyszint és gépjárművet. A romlandó élelmiszerek és élő álltok kivételével lefoglalhatja az adózó nyilvántartásában nem szereplő eszköz-, anyag- és árukészletet. a helyszín átvizsgálás és lefoglalás ellen jogszabálysértésre hivatkozással 8 napon belül panasszal lehet élni.

Az ellenőrzés legtöbb esetben a meglévő iratok, könyvek, nyilvántartások és a bevallás egybevetésével, az egyes tételek minősítésével, jogszerűségének értékelésével történik. Ha azonban az adókötelezettség terjedelme ilyen módon nem tisztázható, az ellenőrzés jelentős adathiány, vagy egyéb ok miatt nem folytatható le, az adóalapot becsléssel kell valószínűsíteni. Becslés alkalmazható

1. a vagyonszerzési illeték alapjának megállapításánál,
2. ha az adó, illetve a költségvetési támogatás alapja nem állapítható meg (mert például adózó iratai alkalmatlanok ellenőrzésre, nincsenek meg, stb.)
3. ha az adóhatóság rendelkezésére álló és az adózó adatainak összevetése alapján alaposan feltételezhető, hogy adózó iratai alkalmatlanok a valós adóalap megállapítására (például: jelentős számú vagy összegű vevői kapcsolatot nem vallott be, számla- vagy nyugtaadási kötelezettségét adóéven belül ismételten elmulasztotta, igazolatlan eredetű árút forgalmazott, vagy be nem jelentett alkalmazottat foglalkoztatott),
4. ha a magánszemély valótlan, hiányos bevallást, vagy nyilatkozatot tett, vagy a nyilatkozatot elmulasztotta (az egyéni vállalkozók ún. bevallás-kiegészítő nyilatkozatáról van szó).

A becslésnél az adóhatóságnak kell bizonyítani, hogy alkalmazásának feltételei fennállnak és azt is, hogy a becslés alapjául szolgáló adatok, tények, körülmények, a becslési módszerek az adó alapját valószínűsítik. A becsült adóalappal szemben azonban a bizonyítási teher már megfordul: az adózó hitelt érdemlő adatokkal ellenbizonyítást végezhet (összehasonlító becslésnél, vagyonosodási vizsgálatnál).

Becslési módszerek:

1. bevétel vagy a kiadások egy részének ismeretében az adóalap valószínűsítése bizonylatok, iratok, nyilatkozatok beszerzésével, helyszíni szemlével, próbagyártással, leltározással, vagy más módon,
2. összehasonlító becslés, ha semmi adat nem áll rendelkezésre és az adathiány nem az adózó érdekkörén kívül eső okokra vezethető vissza. Az összehasonlító becslés az azonos időszakban hasonló tevékenységet, hasonló körülmények között folytató adózók jövedelméhez történő viszonyítással történik.
3. Az adóköteles tevékenységet bejelentés nélkül végzők jövedelmét - ha a bevételekre, kiadásokra irattal nem rendelkeznek - 12 havi működést feltételezve átlagadó alapján kell megállapítani, és annak fizetésére kell kötelezni. Az átlagadó megállapítása a megelőző pontban leírtak szerint történik.
4. Vagyonosodásra, életvitelre alapozott becslés a vagyonosodást, életvitelre fordított kiadást veti egybe a bevallott és a bevallási kötelezettség alá nem eső jövedelmekkel. Ha adózó az elszámoltatás során a vagyon forrásaként öt éven túli, már elévült időszakban szerzett jövedelmet jelöl meg, az adóhatóság kiléphet az elévülési időből, s megvizsgálhatja az állítás igazát. Ha az állítás beigazolódik, nem kerül sor az elévülési időn túli be nem vallott jövedelem megadóztatására. De ha az állítás nem igazolható, az adóztatásra sor kerül.

2003-tól új elem, hogy ha a becslés alkalmazására az ÁFA megállapítása során kerül sor, a levonható adót is lehet becsülni. Ennek feltétele, hogy a bizonylatok hiánya elháríthatatlan külső okra vezethető vissza, és (az ÁFA szabályaiból eredően) a gazdasági esemény valóban végbement.

Az adóhatóság megállapításait jegyzőkönyvbe foglalja, mely az adózó azonosító adatai mellett tartalmazza a vizsgálat által megállapított tényállást, és az annak alapjául szolgáló bizonyítékokat. Az ellenőrzés a jegyzőkönyv átadásával, ismertetésével, ezek hiányában kézbesítésével lezárul. A jegyzőkönyv megállapításaira az adózó 8 napon belül észrevételt tehet. Az észrevételre - ha indokolt - a vizsgálat 15 napig tovább folytatható, melyről újabb jegyzőkönyv készül.

Ha az ellenőrzés adókülönbözetet tárt fel, valamilyen kötelezettség teljesítését írja elő, vagy szankcionál, határozathozatalra adóigazgatási eljárásban kerül sor. Nemleges ellenőrzésekről is határozatot kell kiadni az utólagos ellenőrzések, ismételt ellenőrzések és az állami garancia beváltásához kapcsolódó ellenőrzések befejezését követően.