Ha a munkáltatói adó-megállapításban nem a munkáltató eljárása miatt mutat ki a magánszemély később adófizetési kötelezettségében eltérést, vagy éves adóbevallásában tár fel adófizetési kötelezettség módosulását eredményező eltérést, akkor önellenőrzés keretében módosítható az adóbevallás - munkáltatói adómegállapítás.

Önellenőrzésben ugyanakkor korábban az adómegállapítás során hozott döntés - például költségelszámolás tekintetében hozott döntés stb. - nem módosítható. 2003. évtől az eljárási jogszabály módosítás az adókedvezményre irányuló önellenőrzés lehetőségét megnyitja.

Az önellenőrzés benyújtására a vizsgálat megkezdéséig van lehetősége az adózónak. A kötelezettség csökkenését eredményező önellenőrzés az elévülést megszakítja.

Önellenőrzés esetében - ha az adókötelezettség növekedéssel jár - önellenőrzési pótlék terheli. Önellenőrzési pótlékot az önellenőrzéssel feltárt adókötelezettség növekedés után a késedelmi pótlék 50 százalékos - ismételt önellenőrzés esetében - 75 százalékában - kell megállapítani. Ha az önellenőrzéssel kimutatott kötelezettségnövekedés az esedékességkor, vagy korábbi önellenőrzés esedékességekor meg volt fizetve, akkor az önellenőrzési pótlékot - magánszemély esetében - 1000 forintos összegig kell megfizetni és bevallani.

Az önellenőrzési pótlékot - annak bevallását követően - kérelemre alapozott eljárásban az adóhatóság mérsékelheti. Erre akkor kerülhet sor, ha a körülményekből megállapítható, hogy az adózó, illetve intézkedő képviselője, alkalmazottja, tagja vagy megbízottja az adott helyzetben a tőle elvárható körültekintéssel járt el.

Ha a munkáltató a munkáltatói adómegállapítást követően feltárja, hogy a magánszemély jogszerű eljárása mellett az adót tévesen állapította meg, és a magánszemély vele még munkaviszonyban áll, az adómegállapítást módosítja, és az adókülönbözetet a magánszemély részére visszatéríti illetőleg a következő kifizetéskor levonja. Ebben az esetben a munkáltatót terheli az önellenőrzési pótlék fizetési kötelezettség.