Az adókötelezettségek közül a Szja rendszerében meghatározó szerepe van a nyilvántartási kötelezettségnek. A könyvvezetést azért szabályozzák külön, mivel az, aki az Szja-törvény hatálya alá tartozik, nem kötelezett a számviteli törvény alkalmazására, így pl. az egyéni vállalkozónak nem kell a számviteli törvény könyvviteli előírásai szerint könyvelnie (2000-től már a jövedéki adóról szóló törvény sem tartalmaz ilyen előírást).

A személyi jövedelemadóban az adónyilvántartásoknak két csoportja van:

1. az alapnyilvántartások (pénztárkönyv vagy naplófőkönyv) és a
2. részletező nyilvántartások (tárgyieszköz-nyilvántartás, útnyilvántartás stb.).

A részletező nyilvántartások közül csak azokat kell vezetni, amelyek a jövedelemszerző tevékenységgel kapcsolatosak. A nyilvántartásokat a magánszemélynek a bizonylatokkal együtt az elévülési idő végéig meg kell őriznie.

A tevékenységét egyéni vállalkozóként végző magánszemély pénztárkönyv vezetésére kötelezett. Ha a vállalkozói jövedelem szerinti adózást alkalmazó egyéni vállalkozó nem foglalkoztat sem alkalmazottat, sem segítő családtagot, és költségei az előző évben nem haladták meg a százezer forintot, és várhatóan az adóévben sem lesz százezer forintnál több költsége, akkor oly módon is vezetheti a pénztárkönyvet, hogy csak a bevételi és a költségadatokat jegyzi be. Az átalányadózást alkalmazó egyéni vállalkozónak, ha áfa-levonási jogát nem érvényesíti, csak a pénztárkönyv (naplófőkönyv) "bevételi" oszlopát kell vezetnie.

Az Egységes Vállalkozói Adó hatálya alá bejelentkezett egyéni vállalkozó bevételi nyilvántartás vezetésére kötelezett.

A pénztárkönyvbe a bevételeket és kiadásokat időrendben kell bejegyezni, naponkénti bontásban, sorszámmal, dátummal, okmányok (számla, más bizonylat, részletező nyilvántartás) alapján. A bejegyezéseket és összesítéseket úgy kell elvégezni, hogy az adózó a rá vonatkozó adókötelezettségeket az adózás rendjéről szóló törvényben előírt határidők szerint teljesíteni tudja.

A pénztárkönyvi (naplófőkönyvi) elszámolás számítógéppel is végezhető. A számítógéppel végzett pénztárkönyvi (naplófőkönyvi) elszámolás esetén nem kell az adatokat a kézi vezetésű hagyományos pénztárkönyvbe átírni. A géppel feldolgozott adatokat negyedévenként összesített formában, az év végi zárást követően pedig tételes bontásban is ki kell nyomtatni.

A személyi jövedelemadó törvényben előírt részletező nyilvántartások az egyéni vállalkozói tevékenység körében:

1. A vevőkkel (megrendelőkkel) szembeni követelések nyilvántartása, amely az áruszállításból, az anyagszállításból, munkateljesítésből, szolgáltatásból származó követelések, illetőleg az e követelésekre befolyt összegek nyilvántartására. A nyilvántartásban szereplő számlák kiegyenlítésének időpontjában be kell jegyezni a kiegyenlítés adatait, az alapnyilvántartásban pedig fel kell tüntetni a befolyt bevételt.
2. A szállítókkal szembeni tartozások nyilvántartásában az áru, anyag stb. vásárlásáról, szolgáltatás igénybevételéből származó tartozásairól, továbbá e tartozások kiegyenlítésére átutalt összegekről is nyilvántartást kell vezetnie.
3. Tárgyi eszközök, nem anyagi javak nyilvántartását a tevékenységéhez használt saját tulajdonú tárgyi eszközeiről, nem anyagi javairól vezeti az egyéni vállalkozó. A nyilvántartást tárgyi eszközönként, nem anyagi javanként külön-külön kell vezetni.
4. A beruházási és felújítási költség nyilvántartást az egyéni vállalkozónak kell vezetnie. A nyilvántartásban a tevékenységhez használt tárgyi eszközök, nem anyagi javak üzembe helyezésének időpontjáig felmerült kiadásokat kell feltüntetni a következők szerint:
5. Munkabérek, más személyi jellegű kifizetések és a vállalkozói kivét nyilvántartásában az alkalmazott, a segítő családtag, más magánszemély számára kifizetett összegekről, tartozásokról és követelésekről személyenkénti nyilvántartást kell vezetni. Az egyéni vállalkozónak az előzőek értelemszerű alkalmazásával kell nyilvántartania a vállalkozói kivét összegével kapcsolatos adatokat.
6. Az útnyilvántartásban a jövedelemszerző tevékenységhez használt gépjárműhasználatát kell nyilvántartani. Ha valaki több gépjárművet használ a tevékenységéhez, akkor minden gépjárműre külön-külön szükséges az útnyilvántartás. Erre a célra a menetlevél vezetése is megfelel, ha az tartalmazza az útnyilvántartástól elvárt adatokat.
7. Hitelbe vagy bizományba történő értékesítésre átadott, átvett áruk nyilvántartásában, a hitelbe vagy bizományba történő értékesítésre átadott árukról mind az átadónak, mind az átvevőnek nyilvántartást kell vezetnie, amelybe az adatokat az áru átadásáról-átvételéről kiállított bizonylat alapján kell bejegyezni.
8. 2003-tól selejtezési nyilvántartás (az 50 ezer forint feletti készlet selejtezését kell ebben a nyilvántartásban rögzíteni). A selejtezés során felvett jegyzőkönyv alapján kell nyilvántartásba venni, amelyben a készletek azonosításán túl a selejtezés okát is fel kell tüntetni. A selejtezett tárgyi eszközök, nem anyagi javak, készletet ugyanakkor meg kell semmisíteni, vagy eltávolíthatatlan azonosító jellel kell ellátni.
9. Leltár nyilvántartásban a december 31-én, valamint a tevékenység megszüntetése esetén a megszüntetés napján meglévő vásárolt és saját termelésű készleteket leltározni kell.
10. Alvállalkozói nyilvántartást vezet, aki tevékenységét fővállalkozóként végzi, az alvállalkozókról, a részükre kifizetett összegekről. A nyilvántartásban minden készpénzzel vagy más módon kiegyenlített alvállalkozói számla adatát szerepeltetni kell.
11. Szigorú számadású nyomtatványok nyilvántartásában a szigorú számadás alá tartozó nyomtatványokról (azokról, amelyeket a számvitelről szóló törvény annak minősít) nyilvántartást kell vezetni.